История Чунцина насчитывает более 3000 лет. В эпоху от Династии Шан до периода Воюющих царств (16 в. до н. э. - 221 г. до н. э.) на месте теперешнего Чунцина была столица царства Ба. С эпохи Цинь до эпохи Восточная Хань (221 г. до н. э. - 220 г.н. э.) здесь была учреждена префектура Ба. При правлении династий Суй и Тан (581-907 гг.) она была переименована в провинцию Юй, сам город стал именоваться «Юй». При Северной Сун (960−1127 гг.) провинцию переименовали в Гун. При династиях Мин и Цин (1368-1911 гг.) Чунцин стал важным транспортным узлом для торговых караванов.
В 1891г. Чунцин стал открытым портом, где была оборудована таможня, наблюдалось процветание в судоходстве, торговле, финансовом деле и перерабатывающей промышленности. Постепенно он стал играть роль узлового пункта, связующего юго-запад Китая и верховье Янцзы с внешним миром.
В 1929г. Чунцину официально был придан статус города.
В 1937г. сюда из Нанкина незадолго до его оккупации японскими войсками переехали правительственные учреждения Китайской Республики.
В 1939г. Чунцин был придан статус города, находящегося в непосредственном подчинении Административного совета (правительства Китайской Республики).
В 1940−1946гг.. Чунцин играет роль «второй столицы» Китая, фактически являясь центром политической, экономической, торговой, культурной и внешнеполитической деятельности, а также коммуникационным центром.
После того, как в 1946 г. гоминьдановское правительство вернулось в Нанкин, Чунцин по-прежнему продолжал сохранять статус города, непосредственно подчиняющегося Административному совету.
В 1949г. после провозглашения Китайской Народной Республики Чунцин одно время продолжал оставаться городом центрального подчинения, кроме того, он был местом пребывания Юго-Западного Бюро ЦК КПК и Юго-Западного Военно-Политического Комитета, политическим, хозяйственным и культурным центром Юго-Западного Китая.
Лишь в 1954г., кода в стране была упразднена система административного деления на большие административные регионы, Чунцин стал городом провинциального подчинения.
В 90-х гг.. Китай приступил к реализации стратегии ускоренного освоения бассейна Янцзы и расширения его открытости.