Город был основан римлянами в 45 году до н. э. под именем Савария и являлся столицей провинции Паннония. Здесь были построены императорская резиденция, бани и амфитеатр. Будущий император Септимий Север возглавлял Паннонию и был провозглашён императором именно в Саварии.
Временем расцвета города стал период правления Константина Великого, который сам посещал Саварию несколько раз. В городе строились новые здания, театры и церкви. По одной из версий именно здесь родился святой Мартин Турский (по другой версии это произошло в Паннонхалме). Во время правления Валентиниана III гунны завоевали Паннонию. Савария была оккупирована в 445 году. В 458 году Савария была разрушена до основания мощным землетрясением.
В V-VIII веках город несмотря ни на что оставался населённым, здесь жили славянские племена и авары. После разгрома последних Карлом Великим перешёл под власть франков, а в конце IX века под власть моравов. В X веке бывшая Паннония была завоёвана венграми. В 1009 году Иштван I Святой включил Сомбатхей в состав вновь организованной Дьёрской епархии. В 1242 году город разрушили монголы, однако он быстро отстроился и в 1407 году получил статус вольного королевского города. В 1578 году Сомбатхей стал столицей комитата Ваш.
Во времена оттоманского нашествия город осаждался турками дважды. В первый раз в 1664 году турки были вынуждены отступить после поражения, которое им нанесли австрийцы под Сентготтхардом. В 1683 году после поражения в битве под Веной турки при отступлении разграбили большое число городов, однако Сомбатхей и в этот раз спасли крепостные стены.
Начало XVIII века стало для города периодом бедствий. Во время восстания Ференца Ракоци Сомбатхей несколько раз занимался противоборствующими сторонами, в 1710 году более 2 тысяч жителей погибло от чумы, а в 1716 году пожар уничтожил большую часть строений города. Бедствия привели к сильному сокращению численности населения, что вызвало приток в Сомбатхей новых колонистов, главным образом, немцев. Вскоре немцы
стали составлять большинство населения города.
В 1772 году построена гимназия, пятью годами позже Сомбатхей стал епископской резиденцией, после чего вошёл в период бурного роста. Здесь был построен кафедральный собор, епископский дворец, множество новых зданий.
В 1809 году город был оккупирован Наполеоном и удерживался им на протяжении 110 дней.
В Революцию 1849 года Сомбатхей поддержал восставших, однако боевых действий в окрестностях города не велось.
В 1865 году в город пришла железная дорога, в 1885 году в состав растущего города было включено несколько соседних деревень.
После первой мировой войны Венгрия потеряла большую часть своей территории, и Сомбатхей стал приграничным городом. Во время второй мировой войны, как и большинство венгерских городов Сомбатхей подвергался интенсивным бомбардировкам. Город был освобождён 29 марта 1945 года войсками 3-го Украинского фронта.
В 2006 году при финансовой помощи из фондов ЕС была завершена реконструкция главной площади в центре города.
Развалины римской Саварии - остатки храма Исиды (начало III века) и раннехристианской базилики (IV век).
Кафедральный собор - построен в конце XVIII века в стиле барокко.
Дворец епископа - построен в XVIII веке в стиле рококо после того, как Сомбатхей стал епископской резиденцией.
Церковь св. Мартина - по преданию, поставлена на месте рождения св. Мартина Турского.
Музей «Савария» - в его экспозиции представлены многочисленные археологические артефакты римской эпохи.
Исторический карнавал савария - одна из главный достопримечательностей города, зарекомендовавшая себя далеко за пределами Венгрии.
Синагога - в ней расположен концертный зал.
