Сан-Томе и Принсипи — островное государство в Гвинейском заливе у берегов Африки, в 250 километрах от северо-западного побережья Габона. Состоит из двух островов — Сан-Томе и Принсипи, расстояние между которыми составляет около 140 км, — и ещё 6 более мелких островов.
По площади (1001 км²) Сан-Томе и Принсипи является наименьшим из государств Африки, не считая Сейшельские Острова. Также Сан-Томе и Принсипи является самой маленькой португалоязычной страной в мире.
Рельеф обоих островов гористый, поскольку они являются частью потухшей цепи вулканов, которая включает также острова Аннобон к юго-западу и Биоко к северо-востоку, а также часть Экваториальной Гвинеи, и вулкан Камерун на западном побережье Африки.
Размеры острова Сан-Томе составляют 48 км в длину на 32 км в ширину. На этом острове расположена столица государства, город Сан-Томе. Остров Принсипи имеет размеры 6 на 16 км. Самая высокая точка острова Сан-Томе — Пику-де-Сан-Томе (2024 м), острова Принсипи — пик Принсипи (948 м).
Экватор проходит чуть южнее острова Сан-Томе, совсем рядом с островом Ролаш.
По склонам гор островов текут реки, наиболее крупные из которых — Агуа-Гранде и Ио-Гранде на Сан-Томе, а также Агульяш, Банзу и Папагайу на Принсипи.